Tại 13 địa phương được kiểm toán, kết quả thực hiện chưa đạt so với chỉ tiêu, kế hoạch được Thủ tướng Chính phủ giao; một số tỉnh chưa thành lập Ban chỉ đạo Chương trình Mục tiêu quốc gia hoặc chưa hoàn thành kiện toàn tổ chức bộ máy.